1 Sequencing depth/coverage
测序深度：每碱基被测序的平均次数。
计算公式：\(\text{Coverage}=\frac{\text{总测序碱基数（bp）}}{\text{目标基因组或转录组大小（bp）}}\)。
例如：人类基因组大小约 3Gb (\(3 \times 10^9\)bp)，若测 60Gb 数据，则 \(\text{Coverage}=\frac{60 \times 10^9}{3 \times 10^9}=20 \times\)。
2 Sequencing saturation analysis
X 轴：通常为测序深度或累计数据量（如 the number of reads）。
Y 轴：
- 反映信息量的捕获效率，如基因检出数、变异检出数等。
- 评估技术稳定性，如技术重复间的一致性。
例如：
在转录组测序中，用于表示随着测序深度的增加（累计 reads 数增加），新鉴定的基因或转录本数量的变化关系。
在转录组测序中，用于表示随着测序深度的增加（累计 reads 数增加），技术重复间的表达量相关系数的变化关系。
在基因组测序中，表示随着测序深度的增加，基因组中被至少覆盖 X 次的碱基所占比例。
在基因组测序中，表示随着测序深度的增加，已知变异的检出率。
在 scRNA-Seq 中，随着测序深度的增加，单个细胞中检测到的基因数。
在 scRNA-Seq 中，随着测序深度的增加，doublets 的比例。